Увечері в субботу, 3 жовтня 1226 року в Порціункулі Франциск віддав Богові свою святу душу. Йому було тільки 44 роки. Наступного дня, в неділю, 4 жовтня, відбувся похорон. В урочистій процесії переносять тіло до Ассізі, зупиняючись у Сан-Даміано, щоб з ним попрощалась Клара та її сестри. Тіло Святого поховане в храмі св. Юрія (Сан Джорджо).

4 квітня 1228 р. папа Григорій IX, приятель Франциска (в минулому кардинал Гуголін), звертається до цілого світу з закликом збудувати Базиліку на честь Франциска. 16 липня 1228 року папа Григорій ІX канонізує і проголошує його святим Католицької Церкви у рідному місті Ассізі. 25 травня 1230 року мощі св. Франциска були перенесені до вибудованої в його честь Базиліки. 4 жовтня 1824 року відбулася урочиста процесія з реліквіями св. Франциска по вулицях Ассізі. Потім реліквії було складено до крипти Базиліки. В роках 1926-1932 було здійснено ремонт крипти. В 1938 році папа Пій оголошує св. Франциска покровителем Італії, разом із св. Катериною зі Сієни. У 1978 року папа Йоан Павло ІІ видає "Апостольське Бреве" (раtrіаrсаle basilica) на ексгумацію мощів св. Франциска. 4 березня 1978 року реліквії було покладено назад до крипти. У 1980 року папа Павло ІІ установлює св. Франциска покровителем екології та екологів, що турбуються про охорону навколишнього середовища. Франциск дав усім приклад прекрасного наслідування Ісуса: виявляти любов до кожного створіння і проголошувати світу Мир та Добро.