Стигмати він одержав як нагороду за свою надзвичайну набожність до Христових страстей. Як тільки Франциск навернувся до Бога, його серце наповнилося гарячою любов'ю до Господнього Хреста. Він почав часто думати про Христову муку. Щоб стати подібним до розп'ятого Спасителя, він зрікся всіх земних речей, морив своє тіло тяжкими покутами й тричі шукав мученицької смерті між невірними. Христова мука була всією його наукою, славою, радістю й надією на землі. Одного разу під час недуги Франциск сказав: "Ніщо не приносить мені стільки потіхи, як думка про життя й муку Спасителя". У 1224 році на зламі жовтня – листопада Франциск повертається з Альвернії до Порціункулі через місцевості Борго Сан Сеполькро, Монте Казалє і Чітта дель Кастелльо. З кінця 1224 року та на початку 1225 року Франциск проповідує в Умбрії та Маркії, подорожуючи верхи на ослі. Труднощі апостольського життя, сувора аскеза, довгі нічні чування на молитві швидко вичерпали фізичні сили Франциска. У березні 1225 році Франциск відвідує Клару в Сан Дам'яно і затримується там через хворобу очей біля двох місяців часу. За намовою бр. Іллі йде на операцію, яка не принесла очікуваного результату. В кінці квітня була наступна операція, також марна. Під час хвороби Франциск переживає великі спокуси сатани, але однієї ночі отримує від Господа запевнення у своєму спасінні, і тоді, незважаючи на великі страждання, його серце переповнилося великою радістю, яку Франциск вилив, співаючи у саду пісню-подяку про Брата Сонце – "Гімн створінь". Цією похвальною піснею святий прагнув разом із усім створінням прославити Бога Творця. У червні додає строфу "пробачення". Традиція говорить, що коли брати заспівали цю пісню перед бургомістром і єпископом Ассізі, ті помирилися, раніше – бо ворогували. У 1226 року Франциск їде до Фонте Коломбо на чергову операцію на очах. Потім за порадою кардинала Гуголіна відпра-вляється до Рієті, де обстежений лікарем Папи Римського. Перебуває у св. Фабіана в Рієтті, де лікар старанно його лікує. Ця операція також не дала без жодного результату. В квітні 1226 року Франциск відбув обстеження та лікування у Сієні, після чого з бр. Іллею повертається до Порці-ункули. По дорозі затримується в пустельні Ле – Челле неподалік від Кортони. Наприкінці серпня – початку вересня 1226 року стан Франциска погіршується. Єпископ Ассізі забирає його до своєї резиденції, і брати переносять його до Ассізі.

У вересні, відчуваючи, що його життя добігає кінця, Франциск звернувся до своїх братів, щоб вони любили один одного, убогість й духовенство. Сердечно напоумлював їх вірно зберігати Устав Братів Менших й працювати власними руками і попросив, аби вони перенесли його до Порціункули, близько 2 км від Ассізі. Свій земний шлях святий бажав закінчити там, де розпочалося його духовне життя. Коли вже вийшли поза місто, він попросив покласти ноші на землю, спрямував свої сліпі очі в сторону міста та просив Бога поблагословити місто, а також братів. Коли брати вже були в Порціюнкулі, Франциск попросив заспівати пісню, яка прославляє смерть, а опісля почав молитися словами 141 псалму: "Я голосом моїм до Господа взиваю, я голосом моїм до Господа молюся". Згодом сказав подати йому хліб, розламав його і роздав усім присутнім на знак любові й миру. В кінці вересня диктує свій заповіт. Перед самою смертю попросив покласти його на землю і вкрити старою рясою. Лежачи на землі, він благав братів любити Бога, убогість, а Святе Письмо – більше від усіх інших книжок; відтак поблагословив усіх своїх братів, присутніх і відсутніх. Після чого брати ще почитали йому Євангеліє від св. Йоана – опис Христової муки.