Знаходячись у стані ревності про справи Господні, він так захопився цим побожним зайняттям, що поступив нерозсудливо, бо присвятив на відбудову церківки не лише самого себе, але й речі, що йому не належали. Так, одного гарного дня, поїхавши своїм звичаєм до сусіднього містечка Фоліньйо на торги, він продав сукно зі складу свого батька, а також свого коня, і отримані гроші пожертвував священикові на відбудову церківки. Такий вчинок Франциска викликав обурення його батька Петра Бернардоне, який подав на суд до єпископа, домагаючись повернення коштів. Він отримав гроші, виручені за тканині та коня, але при цьому Франциск перед єпископом і всіма мешканцями Ассізі повернув йому абсолютно все, навіть вбрання, в яке був одягнений, і відмовився від батьківської спадщини. Відтепер Бог буде його єдиним Отцем.

Від того часу життя Франциска цілковито змінилось, він розпочав шукати чогось більшого, ніж те, чого прагнув у юнацтві. Він почав провадити життя у покаянні, носячи просту одіж, підперезану шнурком. Так юнак прагнув наслідувати убогого Христа. А Господь продовжував поволі розкривати Францискові його істинне покликання. Звичайно, шлях, обраний ним, був важким, але любов до Бога вчинила його легким та цінним, як перлина.

Франциск став жебраком: просив на прожиття, на віднову церківок, для прокажених. Першою була відбудована церква Сан-Дам'яно, де він почув голос Бога. Другою – церква св. Петра, а потім – церківка Діви Марії Ангельської (Порці-ункула). Ця церківка є серцем братів менших. Сам Франциск сказав: "Якщо вас будуть виганяти звідси одними дверми, то входьте іншими". Тобто ніколи не залишайте цієї церківки. Франциск багато часу присвячував молитві та духовним роздумам. Шукав ясності, щоб розпізнати своє покликання. На запитання одного з приятелів, що з ним зараз діється, Франциск відповів: "Не знаю, знаю тільки те, що так, як я жив раніше, я більше жити не можу, а як повинен жити тепер – не знаю". Ідеалом св. Франциска стало радикальне євангельське життя у наслідуванні покірного і убогого Христа. Такий стан тривав два роки.

У 1208 році, в день св. Апостола Матея, під час Меси в церківці Пресвятої Богородиці Цариці Ангелів (Порціункола), Франциск почув слова з Євангелія: "Ідіть, проповідуйте, кажучи, що Царство Небесне – близько. … Не беріть ні золота.., ні торби на дорогу, ні одежин двох, ні взуття, ні палиці, – бо робітник вартий утримання свого. …" (Мт 10:7-16). Ці слова він прийняв так, начебто вони були сказані саме до нього, вказуючи йому дорогу подальшого життя. Франциск зрозумів своє справжнє покликання і відтоді запрагнув житии згідно з Євангелієм і проповідувати покаяння. Відразу віддав бідним плащ, черевики, палицю й ремінь, залишивши тільки вбогу туніку та шнурок, яким підперезався. У такому одязі він почав сердечно промовляти до людей і закликати їх до покаяння. В той час Бог наділив його також даром чудес і пророцтв. Франциск зрозумів, що відбудова Церкви стосується не відбудови матеріальної, а духовної. Тож без роздумів пішов до єпископа Ассізі, який його розумів і якому довіряв. Єпископ благословив його наміри. Після того Франциск почав проповідувати по всіх містах і селах про мир та каяття. Він промовляв просто та переконливо, бо мав хист від Бога. Багато хотіло піти за ним. Він не забороняв нікому, але до кожного мав свої вимоги: дослівне виконання Євангелія і роздача своїх матеріальних благ бідним.

Нове життя, яке почав Франциск, спершу стало об'єктом висміювань, а з часом почало спонукати до роздумів інших людей, і невдовзі приклад Франциска привернув увагу друзів його юнацьких розваг. Молоді люди спостерегли, що Франциск віднайшов великий скарб, здобув шляхетську гідність, яка є вищою понад усі земні почесті. Він став лицарем і провісником великого Царя – Ісуса Христа. Першим зголосився до нього поважний купець Бернардо з Квінтаваллє. Одного дня він запросив Франциска до себе на духовну розмову й нічліг. Вночі, коли Францискові здавалося, що його приятель спить, він став на коліна біля свого ліжка і довго молився, часто повторюючи слова: "Мій Бог і моє все". Бернардо був настільки захоплений побожністю й щастям Франциска, що наступного ранку попросився до нього в побратими. Вислухавши разом Службу Божу, вони почали читати Святе Письмо, щоб пізнати Божу волю. Впевнившись у тому, що вони можуть служити Богові разом, Бернардо продав свій маєток, роздав усі гроші вбогим і пішов за Франциском. За прикладом Бернардо пішов П'єтро з Катанії та інші друзі. Незабаром до них долучився Еджідіо, катедральний канонік з Ассізі, і Філіппо з Льонґо. Франциск усім пропонував такий самий спосіб життя: Євангеліє, цілковита вбогість і простий крій одягу у формі хреста. Невдовзі до них приєдналися й інші майбутні брати.

Спочатку це був рух покутників, дуже популярний в ті часи. Але така назва не подобалася Франциску, бо не відповідала його ідеалам. Франциск бачив перед собою Ісуса, що говорив: "Я є тихий і покірний серцем". Щоб було легше "радісно та весело служити всім", у нього виникла думка назватися "братами меншими" (мінорити – від лат. minor "малий"), які нічого не мають і віддані всім. За прикладом Христа Франциск не хотів мати постійного житла. Проте обставини вимагали, щоб після роботи брати мали змогу десь відпочивати і зустрітись разом, кожного вечора збиратися, молитись та розповідати про свої враження. Першим домом для братів був хлів у Рівоторто, а коли господар прогнав їх звідти, спільнота вирушила до церковці Пресвятої Богородиці Цариці ангелів, яку святий назвав Порціункулою (зараз її вважають колискою Ордену Братів Менших). Розділяючи долю Франциска, вони разом вирушали проповідувати Євангеліє Христа. В першу місійну подорож Франциск пішов з братом Еджідіо до Анконської Марки, а інші троє братів – до Флоренції. Під кінець 1208 року відбувається друга місія. Семеро братів відправляються до Фуджіо – Бустоне і апосто-лують у Реатинській долині. Після цього чисель-ність братів зростає. В цьому ж році відбувається і третя місія, на яку брати вирушають по двоє в різні сторони Італії. З початком 1209 року всі повернулися до Порціунколи.

Коли число братів, що бажали жити в покаянні, значно зросло, Франциск вирішив укласти для них короткий Устав, тобто збір правил життя на підставі Св. Писання. Аби отримати дозвіл Церкви на спільне життя, у 1209 році Франциск вирушає з 11 братами до Риму. Звістка про те, що Франциск з братами перебуває у Святішого Отця, в багатьох викликала саркастичні посмішки. Завдяки листу до Папи від єпископа Ассізі Гвідона ІІ вони добились аудієнції. Папа уважно вислухав братів і обіцяв старанно розглянути справу. Він хотів, щоб брати взяли собі Устав св. Августина або св. Бенедикта. Але Франциск був упертий і не відступав від своїх ідеалів. Папа Інокентій ІІІ побачив пророчий сон, в якому Франциск підтримував Латеранську базиліку, що руйнувалася. Розпізнавши у Франциску Божого чоловіка, бачачи радикалізм спільноти та правдиве євангельське життя, папа Інокентій ІІІ закликав братів і усно затвердив Устав життя, а спільнота відтоді прийняла назву "Брати Менші". Франциск заповідав братам жити в бідності, чистоті та послуху. В той же час Франциск отримав дияконське рукоположення. Так виник перший Орден Святого Франциска. Після цієї події ставлення суспільства до спільноти братів відразу змінилось. Люди почали цікавитись їх способом життя. До Франциска приєднується ще багато молодих людей, які бажають розділити його ідеали. Таким чином в Церкві утворюється новий орден, який згодом буде названий Орденом Братів Менших, а папа Гонорій III письмово затвердить його 29 листопада 1223 року. Повернувшись з Риму брати оселилися в Ріво Торто, де розпочали свою працю, цього разу як офіційно затверджена спільнота, але в 1210 року були вигнані звідти. Тому вони замешкали у Порціункулі – "колисці братства". Франциск любив це місце, тому звернувся до оо. Бенедиктинів (власників), щоб вони віддали їм цю церківку. Опат Махавеуш не лише віддав братам меншим Порціункулу, але й прилеглий терен. У 1211 року Франциск вдається на місії до Сирії, але зустрічні вітри заносять корабель до Далмації. В цьому ж році в Болонії виникає перший Дім Братів Менших. Ідеал життя Франциска змінив також жіночі серця. Першою запрагнула наслідувати Христа за прикладом Франциска вісімнадцятирічна дівчина Клара Фавароне Оффердуччі, що походила з ассізької шляхетської родини. У Вербну Неділю 1212 року дівчина залашила батьківський дім, і в ніч з 18 на 19 березня 1212 року в храмі Матері Божої Ангельської в Порціункулі з рук Франциска отримала чернечу рясу – габіт. Опісля Клара оселилася при церковці св. Дам'яна, яку власноруч відбудував Франциск. Невдовзі біля черниці згуртувалася спільнота сестер. Так виник другий францисканський орден – Орден Убогих Дів, які по смерті Клари прийняли назву «Клариски». Від самого початку Франциск мав на меті формувати спільноту братів так, щоб вони не замикалися в монастирських мурах, а були відкритими на людей. Для нього монастирем був цілий світ, тому Франциск мандрував від міста до міста, від села до села і проповідував Євангеліє Ісуса Христа. Стиль життя і проповіді Франциска та його братів викликали справжній рух духовного відродження в Церкві. Вражені життєвим прикладом Франциска, багато молодих і старих, багатих і бідних, шляхтичів і простих людей прагнули наслідувати цей спосіб життя. Франциск пропонував їм, перебуваючи в світі, провадити життя у покаянні і наслідувати Христа в Його покорі та убогості. Саме так саме було започатковано Францисканський Орден Світських, які могли наслідувати убогого і покірного Ісуса Христа, залишаючись в родині, званий Третім Орденом Святого Франциска. У 1213 році, Франциск отримав від Орландо Катані гору Ла Верну і заклав там пустельню. У 1214 році Франциск вирішує податися через Іспанію до Марокко, щоб там проповідувати Євангелію невірним. Але з приводу хвороби мусив повернутися з Іспанії назад в Італію. В цей час він приймає до Ордену Фому з Челяно. У 1215 році, на Зішестя Святого Духа, Франциск зібрав перший Капітул Ордену. В цьому ж році у Римі відбувається IV Латеранський Собор, на якому, правдоподібно, був Франциск, і саме там він вперше зустрівся зі св. Домініком Ґузманом – засновником Ордену Проповідників (Домініканців). У наступному 1216 році помирає Папа Інокентій ІІІ. Через два дні вибрано нового Папу – Гонорія ІІІ. Влітку цього ж року в Перуджі Франциск отримує від нового Папи вічний привілей цілковитого відпусту в річницю посвячення Порціункули 2 серпня в Урочистість Матері Божої Цариці Ангелів.

 5 травня 1217 року Франциск вдруге скликає Капітул в Ассізі до Порціункули, під час якого було вирішено вислати кілька братів на місії. Брат Іджі був призначений до Тунісу, брат Ілля мав відправитися до Сирії, а Франциск з кількома іншими братами – до Франції. Однак, прибувши до Флоренції, Франциск зустрівся з кардиналом Гуголіном, котрий переконав його залишитись в Італії.

У 1218 році відбувається наступний Капітул, в якому бере участь кардинал Гуголін. 11 червня 1218 року Папа видає буллу "Сum dilekti", яка підтверджує правомірність братів менших. Цей документ запевнює єпископів про відповідність постави Францисканців стосовно справ віри і моралі. 26 травня 1219 року, на урочистість Зішестя Святого Духа, Франциск скликає третій Капітул Ордену, котрий пізніше названо "Капітулом Наметів", постанови якого були важливим кроком у внутрішньому і зовнішньому житті Братії. На Капітулі вирішили вперше організувати місії до невірних. Гурти Братів Франциск скерував до Марокко, Німеччини, Іспанії, Франції та Угорщини. А сам разом з братом Ілюмінатом після закінчення капітули 26 червня з хрестоносцями вирушив на схід, сів на корабель в Анконі і поїхав до мусульман. Дійшовши до Дам’єти в Єгипті, зустрівся там із султаном Мелека-ел-Камела, перед яким надзвичайно відважно проповідував Христа. Францискові не вдалося навернути султана, але султан, захоплений особою і сміливістю проповідника, не тільки дозволив йому безпечно залишити мусульманський табір, а також дав дозвіл на безперешкодну подорож по Святих Місцях усієї Палестини, що перебувала тоді під владою арабів. Франциску вдається відвідати Святі Місця у Палестині, плодом чого стало заснування у Святій Землі Кустодії Братів Менших. В січні 1220 він отримує звістку про мученицьку смерть 5 братів у Марокко. Повертаючись назад, дізнається також про розкол в Братії і відправляється до Ассізі через Венецію, щоб скликати наступний Капітул. У 1220 році в Орветто Папа призначає опікуном Ордену кардинала Гуголіна. Під час капітулу у свято св. Архангела Михаїла Франциск відмовляється від керування орденом. Тоді було визначено першим Генералом Ордену Петра з Катанії. 22 вересня 1220 року Папа Гонорій ІІІ видає Буллу, що зобов'язує усіх вступаючих до Ордену пройти річний новіціат. У 1221 році помирає в Порціункулі бр. Петро з Катанії. Відбувається капітул 30 травня 1221 року, на якому його наступником вибирається бр. Ілля. У цьому Капітулі приймає участь близько 5000 братів, в тому числі май-бутній св. Антоній з Падуї. Під час капітулу було прийнято новий Устав, укладений Франциском, що мав 23 розділи, і був названий "Першим Уставом" або "Незатвердженим Уставом", бо не отримав згоди від Римської Курії. В цьому ж році Папа затверджує "Memoriale proposition», що вважається регулою третього ордену. Франциск засновує Третій Орден Світських. У 1221-1222 роках Франциск проповідує на півдні Італії, зокрема, 15 серпня 1222 році, – на міській площі в Болонії з метою примирення між собою мешканців міста. Бачачи, що спільнота Братів дуже швидко зросталє, приймаючи нові покликання до Ордену, Франциск занепокоївся його подальшою долею. Тому вирішив написати засади життя Братів і вирушити до Апостольської Столиці, щоб їх затвердити. Новий Устав Франциск уклав в 1223 році в Фонте Кольомбо, де, перебуваючи в молитві та пості, цілими днями диктував текст бр. Леону. 29 листопада 1223 року папа Гонорій ІІІ буллою "Sollet Anuere" затвердив текст Уставу, який отримав назву "Другий Устав", або, як ще його називають, "Затверджений Устав". Йому підпорядковується цілий Орден Братів Менших по сьогоднішній день. Франциск наказав своїм Братам "жити згідно Євангелія Господа нашого Ісуса Христа, у послусі, чистоті та не маючи власності". Особливо він наголосив на послусі цілого Ордену Святій матері Церкві, а також на вбогому житті, за прикладом Христа, який "для нас став бідним, бувши багатим, щоб ми Його вбожеством розбагатіли". Можливо це було реакцією на матеріальний стан духівників тих часів. Також в цьому році з 24 на 25 грудня Франциск як диякон приймає участь у Різдвяній Св. Літургії в Греччіо, де вперше влаштовує Різдвяний Вертеп, який до сьогодні представляється в храмах по цілому світі. 2 червня 1224 року відбувся наступний генеральний Капітул Ордену, після чого брати були вислані до Англії, а в кінці літа бр. Ілля бачить сон, що Франциску лишилося жити ще 2 роки. Франциск із глибоким душевним уболіванням роздумував над Христовими Страстями і Його смертю. Святий гірко плакав над стражданнями Спасителя, і, бачачи, що люди своїми гріхами нехтують любов’ю, якою Господь їх обдарував, і зі слізьми на очах не раз повторював, що "Любов не є любленою". Звершуючи 40-денний піст перед святом Архангела Михаїла з 15 серпня по 29 вересня 1224 року на горі Ля Верна, Франциск 14-15 вересня побачив Христа в образі Серафима, який наніс йому на руки, ноги і бік стигмати – знаки страждань Спасителя. Так св. Франциск уподібнився в досконалий спосіб до терплячого Ісуса Христа. Щоб стигмати не впадали людям у вічі, він закривав їх одягом. Згодом Франциск виявив цю таємницю своїм братам.