Дитинство Франциска минало безтурботно: він жив у достатку, мав змогу отримати освіту – вичати латинь, музику, поезію. Франциск був особою, наділеною музикальними здібностями, котру характеризувала безмежна мудрість та великодушність. Саме завдяки цій великодушності він мав дуже багато друзів. У їх колі проводив більшість свого часу та організовував різні забави, тому його називали царем молоді. Тома з Челяно, один із перших учнів та друзів Франциска, писав: "Був середнього зросту, тендітний, обличчя лагідне, чоло виступаюче, очі блакитні, ніс дещо орлиний, волосся чорне та рідке. У взаєминах із людьми був делікатний, у товаристві – радісний, поблажливий до інших, хоча суворий до себе самого, – одним словом, привабливий в усьому".

Батько Франциска не бажав занадто розвивати творчу натуру сина, адже бачив його своїм спадкоємцем у родинному бізнесі. Тому Франциск не вчився довго у школі – незабаром він активно і успішно почав співпрацювати з батьком у продажі тканин, але веселе життя ставив на першому місці. Зароблені у батька гроші Франциск пускав на вітер під час гулянок, які влаштовував з іншими юнаками. Батько на це не реагував занадто ригористично, приписуючи все молодості сина. Хоча батьки і залучали сина до купецького ремесла, та все ж таки прагнули бачити свого хлопця шляхтичем. Тому й не забороняли Францискові мріяти про лицарські остроги і шляхетський стан. І, можливо, він би дійсно став заможним купцем, знаним у своєму середовищі й часі, але незнаним подальшій історії, якби не подіяв у його житті сам Бог. Франциск народився у часи хрестових походів. Жив ними і думав про них. Одного дня, коли Франциск торгував тканиною, ввійшов убогий просити милостиню, закликаючи ім'я Христа. Оскільки Франциск так захопився торгівлею сукна, що не бажав переривати свого заняття, то прогнав бідняка. Потім, розкаявшись, він вибіг і помчав чимдуж шукати цього бідного. Знайшовши жебрака, дав йому жменю монет. Це був перший переломний момент у житті Франциска Бернардоне. У 1199 році в Ассізі розпочалася громадянська війна – повстання проти німецьких феодалів. Розпочалися озброєні сутички, що призводили до частих нападів на населення, палаци і дворянські замки. Правдоподібно Франциск також брав участь в обороні свого міста. Ассізці перемогли в цьому повстанні. Слава огорнула увесь Ассізі. До цього часу залишився слід повстання – зруйнований замок. В 1200 році у сусідній Перуджі також вибухнуло повстання проти феодалів, але воно було придушене. Другим переломним моментом у житті Франциска був 1202 рік, коли ассізці поспішили на допомогу в цьому повстанні. Розпочалася громадянська війна поміж Ассізі та Перуджією, в якій Франциск взяв участь. Під час цієї війни в одному із боїв мешканці Ассізі потерпіли поразку, в результаті чого багато з них було взято в полон. Серед полонених був також і молодий Франциск. У в'язниці Франциск усвідомив, що щось в його житті не так. На багато питань він не знаходив відповіді. Сам на сам він зіткнувся з людським стражданням, проте в цих жахливих умовах його віра в Бога стала більш зрілою. В перуджійській в'язниці Франциск перебував майже рік. Перебування там так виснажило Франциска, що після сплачення батьками викупу він важко занедужав. У 1203 році повертається додому дуже хворим. Ця хвороба також якимось дивним чином преобразила душу юнака, але не до кінця. У своїх прагненнях юнак був наполегливим, і перша невдача не змусила його відмовитися від своїх планів і бажання бути лицарем. Подією, яка дійсно змінила його життя, стала спроба вирушити у хрестовий похід. Під час хвороби Франциск бачив дивний сон: шляхетний замок з чудовими просторими залами, повними лицарської зброї. Під час сну з'явилась дивна постать, котра звернулась до Франциска із запитанням: "Чий це є замок і чия ця зброя висить на стіні"? Він відповів: "Це все твоє та твоїх лицарів". Цей факт надихнув Франциска знову залишити батьківську торгівлю сукном та присвятити себе військовому життю. Бажаючи здобути славу, Франциск вирішує приєднатись до полководця, який в Апулії збирав добровольців, щоб вирушити до Святої Землі визволяти від невірних Господній Гріб. Батькові ця ідея сподобалася, він закупив для свого любого сина багату зброю та коня. У 1205 році Франциск вирушає до Апулії в Південній Італії з метою здобуття омріяної слави. Подорож однак довго не тривала – в дорозі Франциска огортає така слабкість, що він не може продовжувати подорож. Після першого дня дороги, доїхавши до міста Сполетто, він затримався на ночівлю. Уночі бачить сон і чує Господній голос: "Франциску, хто тобі може більше дати, Господь чи слуга?" Він відповів: "Відомо, що Господь". "То чому тоді для слуги залишаєш Господа? Франциск: "Що хочеш, Господи, щоб я вчинив?" "Повернись до рідного краю, а там у духовний спосіб звершиться через мене це видіння". Проте і наступний військовий похід не приніс йому очікуваної слави, тому майбутній святий повертається до свого рідного міста, не здобувши лицарського пояса, і починає очікувати подальших розпоряджень Ісуса. Повернувшись до Ассізі, Франциск відчутно змінився. Господь щоразу виразніше являв свою участь в духовному житті юнака. Франциск почав усе частіше шукати безлюдні місця, усамітнюватися, щоб молитися, постити, шукаючи Божої волі. Залишив старе товариство і часто згадував видіння зі Сполетто. Одного разу, коли він прогулювався Сполетанською долиною на коні, побачив прокаженого. Своїм виглядом хворий викликав відразу – прогниле тіло жахливо смерділо... Франциск, побачивши його, спочатку втік з переляку, але сталося щось несподіване – згодом він повернувся до прокаженного і почав перепрошувати за те, що його образив. Потім поцілував хворого та подав йому милостиню. Він помітив у прокаженому самого Ісуса. Те, що донедавна видавалося хлопцеві гірким, перемінилося у радість, якої Франциск знову і знову прагнув досвідчити, помагаючи прокаженим та бідним. У цей час він шукає тиші для медитації, мандруючи околицями Ассізі. Особливим чином вплинули на Франциска слова Євангелія про блаженство убогих і про роздачу матеріальних благ бідним, щоб мати скарб у небі. Він вже почав було роздавати речі з дому, але його зупинив розгніваний батько й узяв Франциска під домашній арешт, з-під якого його випустила мати. Замилування Франциска до старих запущених церков часто приводило його в одинокі напівзруйновані храми у передмістях Ассізі. Одного разу, а саме у 1206 році, Франциск гаряче молився перед хрестом у Сан-Дам'яно, що неподалік від Ассізі, і почув голос Ісуса з хреста, що висів у цій малій церківці: "Франциску, візьмися за відбудову моєї церкви, адже бачиш, в якій вона руїні". Цей явний заклик Христа юнак зрозумів дослівно. Зауважив, що церківка, де він молився, потребувала ремонту, і відразу взявся за відбудову.